L’alimentation sans gluten est indiquée aux personnes qui souffrent de la maladie cœliaque. Ils doivent donc éliminer le gluten de leur alimentation. Le gluten est une protéine dans plusieurs céréales, c’est pourquoi ces personnes devront éviter le blé, le seigle, l’orge, etc. Dans l’alimentation faible en FODMAP, le blé, l’orge et le seigle doivent aussi être éliminés, mais pour leur teneur en fructane (un glucide) et non pas en gluten. Par ailleurs, l’alimentation faible en FODMAP limite aussi la consommation d’autres types de glucides (lactose, polyols, etc.) ce que ne fait pas l’alimentation sans gluten.