L’alimentazione senza glutine è indicata per le persone che soffrono della malattia celiaca. Devono perciò eliminare il glutine dalla loro dieta. Il glutine è una proteina che si trova in numerosi cereali, pertanto queste persone dovranno evitare il grano, la segale, l’orzo, ecc. Nell’alimentazione a basso contenuto di FODMAP, il grano, l’orzo e la segale devono ugualmente essere eliminati, ma per il loro contenuto di fruttani, che sono carboidrati, e non per il glutine. D’altronde, l’alimentazione a basso contenuto di FODMAP limita anche l’assunzione di altri tipi di carboidrati (lattosio, polioli, ecc.), che invece non è prevista dall’alimentazione senza glutine.